일본뇌염이라고 알려진 뇌염형은 두통과 몸살의 증상을 보이다가 구토 등의 위장관계 증상과 발열이 나타난다. 

일본뇌염의 증상은 모기에 물리고 7~12일이 지난 후에 나타나며, 열이 나거나 바이러스성 수막염 등의 가벼운 증상이 나타날 수 있지만, 뇌염이 발병하면 갑작스러운 고열, 두통, 구토, 의식장애, 경련, 의식 소실 등의 증상을 보인다. 

특히, 일본뇌염 바이러스는 뇌, 수막, 척수를 포함해 우리 몸의 중추신경계 전반에 영향을 주는 것으로 알려졌다. 

일본뇌염 바이러스는 그 증상에 따라 부전형, 수막형, 척수형, 연수형 및 뇌염형으로 나눌 수 있다. 부전형은 감기, 몸살 정도의 약한 증상을 보이고 수막형은 뇌막형이 함께 나타난다. 

척수형은 폴리오와 비슷한 양상을 보이며 연수형은 가장 위험한 상태로 연수, 뇌교, 뇌신경에 영향을 주며 호흡중추를 마비시켜 사망할 수도 있다.

한편, 일본뇌염 예방대책으로는 매개 모기의 구제, 증폭숙주인 돼지 대책, 사람의 예방접종 등이 있다. 

15세 미만의 아동은 일본뇌염 예방접종을 꼭 맞아야 하며 예방접종으로 발생은 줄일 수 있으나, 근절되지 못하므로 모기에 물리지 않도록 개인 위생이나 환경 위생이 중요하다.